Shinichi Kudo ist ein gefeierter Jungdektetiv der Oberschule. Als er mit Ran Mori in einen Freizeitpark geht, verfolgt er zwei Männer in Schwarz. Doch die beiden erwischen ihn und geben ihm ein Gift, welches ihn töten soll. Doch stattdessen schrumpft er. Völlig verwirrt geht er nach Hause. Dort trifft er den befreundeten Professor Agasa, welchem er die Geschichte erzählt. Agasa rät ihm sich eine neue Identität zuzulegen und niemandem etwas davon zu erzählen. Doch just in diesem Augenblick erscheint Ran, da sie besorgt nach Shinichi sucht. Dabei findet sie den Professor und Klein-Shinichi in der Bibliothek. Damit Ran ihn nicht erkennt, zieht er rasch eine alte Lesebrille seines Vaters an und nennt sich Conan Edogawa. Agasa bittet Ran, für ihn auf Conan aufzupassen, damit Shinichi mit Rans Vater, einem Detektiv in einem Haus lebt. Mit der Zeit wird Kogoro Mori richtig berühmt, da Conan ihn bei der Falllösung immer mit einem Narkosekronometer betäubt und mit dem Stimmentransposer die Fälle selbst löst. Shinichi hofft, wenn Kogoro mehr Aufträge bekommt, auch mehr über die "Schwarze Organisation" herauszufinden, damit er wieder Shinichi Kudo werden kann. Doch bis dahin ist es ein weiter Weg...